下列期货公司股权变更的情形，应当经中国证监会或其派出机构批准的有（）。

根据题干中的参照解析，期货公司股权变更需要中国证监会或其派出机构批准的情形包括：变更控股股东、第一大股东；单个股东的持股比例或者有关联关系的股东合计持股比例增加到5%以上，且涉及境外股东的。因此，选项A“有关联关系的股东合计持股比例增加到5%以上”和选项B“单个股东的持股比例增加到5%以上”均需要经中国证监会或其派出机构批准。而选项C和D描述的持股比例增加到3%的情况，并未在参照解析中提及需要经批准，因此不需要经中国证监会或其派出机构批准。