某美国机械设备进口商计划在三个月后支付进口货款总计为3亿日元，分析以下选项：

对于该美国机械设备进口商而言，在三个月后需要支付进口货款3亿日元。由于这是一个外汇交易，存在汇率波动的风险。

A选项提到卖出日元/美元期货进行套期保值。通常情况下，当预期某种货币会贬值时，可以通过卖出该货币的期货来保值。但在此情境中，进口商需要支付日元，因此并不适合通过卖出日元期货来保值。因此A选项不正确。

B选项指出进口商可能承担日元升值的风险。这是正确的，因为如果日元升值，进口商需要花费更多的美元来支付等值的日元货款。

C选项提到买入日元/美元期货进行套期保值。这是正确的做法。通过买入日元期货，进口商可以在日元升值时获得期货收益，从而抵消现货市场上因日元升值带来的部分损失。

D选项提到可能承担日元贬值的风险。实际上，对于进口商来说，他们面临的是日元升值的风险，因为这将导致他们需要花费更多的美元来支付相同的日元金额。所以D选项是不正确的。

综上所述，正确答案是B和C。