跨系统联行往来是指结算业务发生在两家不同的银行间的清算业务。跨系统联行往来的资金清算必须通过中国人民银行办理,所以选项D正确,选项C错误。商业银行可以自由选择的清算途径以及两家银行之间的自主清算与跨系统联行往来的定义和流程不符,因此选项A和B均不正确。