商业银行的二级资本主要包括二级资本工具及其溢价、超额贷款损失准备可计入部分以及少数股东资本可计入部分。根据参考答案的解析,选项C“超额贷款损失准备可计入部分”属于商业银行的二级资本。而选项A“优先股及其溢价”属于其他一级资本,选项B“一般风险准备可计入部分”,选项D“资本公积及盈余公积可计入部分”均属于核心一级资本。