关于农村金融机构核查贷款使用是否符合约定用途的方式，以下哪项是正确的？

根据题目中的描述，关于农村金融机构核查贷款使用是否符合约定用途的方式，正确的方法是现场调查。在借款人自主支付的情况下，农村金融机构应该通过账户分析或现场调查等方式来核查贷款的使用情况，以确保其符合约定的用途。因此，答案为C。