个人住房贷款档案管理中存在的风险包括:未按照要求收集整理贷款档案资料、未核对"个人贷款档案清单"、未对档案资料使用实施借阅审批登记制度。而B选项“未按规定及时办理他项权证”并不属于档案管理中的风险。因此,答案为B。