根据给定的参照解析,在下列情形中,不可以采取借款人自主支付的是农户消费贷款且金额达到40万元。参照解析中提到,农户消费贷款且金额不超过30万元的情况下可以采取借款人自主支付,而C选项中农户消费贷款金额达到40万元,超过了规定的限额,因此不可以采取借款人自主支付。