2013年7月中国人民银行宣布取消金融机构贷款利率的下限（个人住房贷款除外），由金融机构根据商业原则自主确定贷款利率水平，贷款利率市场化改革取得长足进步，但仍存在如下（ ）问题。

根据题目中的描述，虽然取消了金融机构贷款利率的下限，由金融机构根据商业原则自主确定贷款利率水平，但是仍存在一些问题。其中贷款主要参考贷款基准利率定价，难以反映市场利率的变化，所以选项A和D正确。同时，实体经济对市场利率下降的感受不足，说明市场利率的变动并未充分传导到实体经济中，因此选项B也正确。此外，贷款利率和市场利率存在“双轨并存”的情况，说明贷款利率市场化的进程尚未完成，还需要进一步改革。最后，贷款利率隐性下限的存在使得利率传导不畅，这也是当前存在的问题之一，因此选项E也是正确的。综上，本题答案为A、B、C、D、E。