根据题目描述,地方政府债务余额与综合财力之比指的是地方政府债务率。这是衡量地方政府债务水平的一个重要指标,国际货币基金组织建议的警戒标准为90%~150%。而其他选项如地方政府负债率、地区GRDP增长率、第三产业经济增加值占比与题干描述不符。因此,正确答案为D。