关于初级公司信贷中提款计划变更的说法，哪项是正确的？

关于初级公司信贷中提款计划变更的说法，正确的是：对于允许变更提款计划的，银行可以对借款人不收取贷款额度承担费。

具体解析如下：

A选项提到，借款人擅自变更提款计划的，银行应该查清原因并收取承担费。这一说法并不准确。在实际操作中，如果借款人需要变更提款计划，应该按照借款合同的有关条款规定办理，或向银行提出书面申请并得到银行同意。但银行是否收取承担费，取决于借款合同的具体规定。

B选项提到，在借款人的提款期限届满之前，公司业务部门应将借款人应提未提的贷款额度通知借款人。这一说法是正确的，但并非关于提款计划变更的核心内容。

C选项提到，在借款人提款有效期内，如果借款人部分或全部未提款，则银行就应该对未提部分在提款期结束时自动注销。这一说法并不准确。实际上，根据借款合同的规定，未提部分的贷款可能会收取承担费，但并非一定会自动注销。

D选项提到，对于允许变更提款计划的，银行可以对借款人不收取贷款额度承担费。这是正确的，因为是否收取承担费取决于借款合同的具体条款和双方的协商。

因此，正确答案是D。