责令停业整顿是下列哪项措施，其对银行业金融机构的经济利益影响极大，只在情节特别严重时适用？

责令停业整顿是一种对银行业金融机构的严厉处罚措施，将极大地影响其经济利益。这种措施适用于情节特别严重的行政违法行为，以迫使违规机构改正错误，达到整改的目的。因此，选项A正确。其他选项如没收违法所得、罚款和警告虽然也是行政处罚的形式，但相对于责令停业整顿，其对银行业金融机构经济利益的影响较小，因此不只在情节特别严重时适用。