业务部门在内部控制中通常是第一道防线,负责执行具体的内部控制措施和流程。内部审计部门则负责对内部控制的充分性和有效性进行审计,及时报告审计发现的问题,而不是内控管理职能部门。商业银行的业务部门确实需要负责参与制定与自身职责相关的业务制度和操作流程。因此,正确答案是B。