商业银行内部控制管理职能部门是商业银行内部控制的（）防线。

根据题目给出的信息，业务部门是商业银行内部控制的“第一道防线”，内部控制管理职能部门是商业银行内部控制的“第二道防线”，因此正确答案为C。商业银行应当指定专门部门作为内部控制管理职能部门，牵头内部控制体系的统筹规划、组织落实和检查评估。