基金管理人运作基金财产进行证券投资，不得出现的情形包括()。

基金管理人运作基金财产进行证券投资，不得出现的情形包括：
A选项：基金中基金持有其他单只基金，其市值超过基金资产净值的百分之二十。
B选项：基金财产参与股票发行申购，单只基金所申报的金额超过该基金的总资产。
C选项：基金财产参与股票发行申购，单只基金所申报的股票数量超过拟发行股票公司本次发行股票的总量。

这三项都是基金管理人运作基金财产进行证券投资时不得出现的情形。而D选项的市值比例是正确的，不符合题目的要求。因此，答案是ABC。