违反《证券法》操纵证券市场，应如何处理非法持有的证券并罚款？

根据《证券法》的规定，对于违反该法规定操纵证券市场的行为，应责令依法处理其非法持有的证券，没收违法所得，并施以罚款。罚款的标准是违法所得的一倍以上十倍以下；如果没有违法所得或者违法所得不足一百万元的，则处以一百万元以上一千万元以下的罚款。因此，正确答案是A。