关于合格境外投资者所管理的证券账户发生重大违法、违规行为，哪个机构可以依法采取限制其资金汇出入等措施？

根据参考答案中的描述，合格境外投资者所管理的证券账户发生重大违法、违规行为时，国家外汇管理局可以依法采取限制其资金汇出入等措施。因此，选项B是正确答案。