证券公司开展柜台交易需向哪个机构进行备案，并说明其柜台交易管理制度和实施方案应通过哪个机构的专业评价？

根据相关规定，证券公司进行柜台交易，应当报中国证券业协会备案，其柜台交易管理制度和实施方案应当通过中国证券业协会组织的专业评价。因此，正确答案为A。