关于背信运用受托财产应予立案追诉的正确理解是？

根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二)》第三十五条的规定，背信运用受托财产应予立案追诉的情形包括：

1. 擅自运用客户资金或者其他委托、信托的财产数额在30万元以上的；
2. 虽未达到上述数额标准，但多次擅自运用客户资金或者其他委托、信托的财产，或者擅自运用多个客户资金或者其他委托、信托的财产的。

由此可知，选项C是正确的，即擅自运用客户资金数额未达到30万元，但擅自运用多个客户资金的，应予立案追诉。而其他选项A、B、D都与规定内容不符。