证券公司风险控制指标不符合规定的，整改期内，中国证监会及其派出机构应当区别情形，对证券公司采取的措施不包括（）。

根据规定，当证券公司风险控制指标不符合规定时，在整改期内，中国证监会及其派出机构可以采取的措施包括停止批准新业务、停止批准增设或收购营业性分支机构、限制分配红利以及限制转让财产或在财产上设定其他权利。而选项C“责令暂停部分业务”并不在上述措施之列。因此，本题的答案是C。