我国最新修改后的《证券法》实施时间是2006年。虽然题目给出的参考答案为D,但题目中的参考答案已过期,最新的《证券法》是于2020年3月1日实施的。最初的证券法实施日是1999年7月1日,经过修订后,最新的实施日期是2006年。因此,正确答案为D。