公司经营能力分析包括(  )。
Ⅰ．公司法人治理结构分析
Ⅱ．公司经理层的素质分析
Ⅲ．公司从业人员素质和创新能力分析
Ⅳ．公司盈利能力分析

公司经营能力分析包括以下几个方面：

Ⅰ. 公司法人治理结构分析：这是评估公司治理结构和决策机制的有效性和稳健性，对于公司的长期发展至关重要。

Ⅱ. 公司经理层的素质分析：经理层是公司运营的关键，他们的素质直接影响到公司的战略决策和日常运营。

Ⅲ. 公司从业人员素质和创新能力分析：员工的素质和创新能力是公司竞争力的源泉之一，对于公司的长远发展具有重要意义。

上述三个方面共同构成了公司经营能力分析的核心内容。而公司盈利能力分析虽然重要，但它更多地是财务分析的一部分，不直接属于经营能力分析的范畴。因此，正确答案是B，包括Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三个方面。