乙企业应付账款的账面余额为520万元，因无法偿还，双方协商以乙企业增发的普通股进行债务重组。已知普通股每股面值为1元，市场价为6元，乙企业用于抵债的普通股数量为80万股，并支付证券机构佣金手续费2万元。请问乙企业应确认的债务重组利得及资本公积分别为多少万元？

乙企业应确认的债务重组利得是通过比较应付账款的账面余额与用于偿还债务的普通股的市值来计算的。具体计算为：债务重组利得 = 应付账款账面余额 - 普通股市值。根据题目数据，应付账款的账面余额为520万元，普通股市价为6元/股，共80万股，因此普通股市值为6×80=480万元。所以，债务重组利得 = 520 - 480 = 40万元。

乙企业计入资本公积的金额是通过以下方式计算的：资本公积 = (普通股的市场价 - 普通股的面值) × 普通股数量 - 支付的相关费用。根据题目数据，普通股的面值为1元/股，市场价为6元/股，共80万股，支付的相关费用为2万元。因此，资本公积 = (6-1)×80 - 2 = 398万元。

综上，乙企业应确认的债务重组利得为40万元，资本公积为398万元，答案为A。