甲某拟任某上市公司独立董事，关于其任职资格，以下情形构成障碍的是？

对于甲某拟任某上市公司独立董事的任职障碍，根据《上市公司独立董事管理办法》（2023年修订）进行分析：
A项：根据规定，上市公司董事会、监事会、单独或者合计持有上市公司已发行股份1%以上的股东都有资格提出独立董事候选人，并经股东大会选举决定。因此，由该上市公司控股股东提名的甲某并不构成任职障碍。
B项：如果甲某的妻子的弟弟在上市公司某子公司担任职务，这构成主要社会关系人员在附属企业任职的情况，是禁止担任独立董事的情形之一。因此，这一项是构成甲某任职障碍的。
C项：甲某1年前为上市公司提供咨询服务并不构成任职障碍，按照当前和过去交易所的规定，这并不影响其独立性。
D项：持有上市公司100股股票的甲某，按照交易规则，这不会使其成为上市公司前10名自然人股东，因此不会构成任职障碍。
综上所述，正确答案是B。