甲作为某股份有限公司的董事，下列行为中哪项违法？

根据《公司法》第160条第2款的规定，公司董事、监事、高级管理人员在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的25%。因此选项B中的“在职期间的第2年转让的股份占所持有股份总数的20%”是合法的。同时，公司董事在公司股票上市交易之日起1年内不得转让其所持有的股份，所以选项C中的“在公司上市交易后不到1年转让其所持公司股份的3%”是违法的。选项A“向公司申报所持有的股份以及变动情况”和选项D“离职1年之后转让了其所持有的股份”都是合法的行为。因此，正确答案为C。