注册会计师为甲公司进行2013年度财务报表审计，以下工作正确的有（  ）。

对于选项A，存货监盘是证实存货存在性的不可替代的审计程序，不能因为成本较高或难以实施而放弃执行。因此，仅通过函证并不能证实存货的存在性，选项A不正确。

对于选项B，注册会计师应当对应收账款实施函证程序，除非有充分证据表明应收账款对财务报表不重要，或者函证很可能无效。如果认为函证很可能无效，注册会计师应当采取替代审计程序以获取相关、可靠的审计证据，因此不能仅因为预计回函无效就放弃对与债务人发生纠纷存在争议的应收账款进行函证，选项B不正确。

对于选项C，注册会计师在确定函证对象时，应当包括被审计单位的所有银行账户，包括在用账户和已注销但尚未清理的账户。因此，选项C中的描述并不准确。

对于选项D，注册会计师应当将交易频繁但期末余额较小的应收账款纳入函证范围，即使这些账款的余额较小甚至为0，因为这些账款可能存在被操纵的风险。因此，选项D是正确的。