合作研发的组织方式包括联合开发、建立联盟、共建机构和项目合作。这些组织形式都有助于实现研发资源的共享、风险的共担以及技术的共同提升。而委托研发虽然也是一种研发模式,但它与合作研发的组织方式并不是包含与被包含的关系,因此选项E并不正确。所以,关于合作研发的组织方式,正确的选项是A、B、C和D。