在电子商务运作系统中，哪个机构负责确保相关主体的身份真实性和交易安全性？

在电子商务运作系统中，为了保证相关主体身份的真实性和交易的安全性，需要一个具有权威性和公正性的第三方信任机构，即CA认证中心。因此，正确答案为C。而企业是电子商务中的重要主体，物流配送机构负责整个物流配送体系的信息管理和调度，网络支付体系在电子商务中起到货币流通中介的作用，都不是保证身份真实性和交易安全性的机构。