A公司的债权人B公司，将其持有的A公司的债权转成持有A公司的股权。这会使A公司的（）。

在这个情境中，A公司的债权人B公司将其持有的A公司的债权转化为持有A公司的股权。这意味着B公司从债权人的身份转变为A公司的股东，因此A公司的负债会减少。长期股权投资增加和注册资本减少是与B公司的行为相关的，而不是直接影响A公司的财务状况。资产增加与否取决于其他因素，如资产折旧、新的投资等，与此次债权转股权的交易不直接相关。因此，正确答案是C，即负债减少。