甲公司的控股股东以其持有的甲公司的股权抵偿其对甲公司的债务，这种做法对甲公司产生（ ）。

甲公司的控股股东以其持有的甲公司的股权抵偿其对甲公司的债务，这种做法会产生以下影响：

A. 净资产收益率提高：以股抵债为缺乏现金清偿能力的股东偿还公司债务提供了途径，从而提高了债权公司的资产质量，表现为净资产收益率的提高。

B. 股本增加：虽然股权被用于抵债，但并不意味着股本一定增加。此选项未明确说明股本增加的情况，因此不能确定其正确性。

C. 长期股权投资减少：题目中并未提及长期股权投资的变化情况，因此无法判断该选项是否正确。

D. 资产负债率降低：虽然股权抵债可以降低公司的债务负担，但资产负债率的变化取决于多种因素，如资产和负债的具体数额等。题目中未提供足够信息判断资产负债率是否降低。

E. 每股收益提高：由于提升了债权公司的资产质量，使得每股收益水平提高。这是一个直接的结果，因此选项E是正确的。

综上，答案为AE。