《证券公司风险控制指标管理办法》规定，证券公司以自有资金参与股指期货、国债期货交易时，对股指期货、国债期货合约占用的交易保证金如何扣减净资本？

《证券公司风险控制指标管理办法》等规定，证券公司以自有资金参与股指期货、国债期货交易的，对已被股指期货、国债期货合约占用的交易保证金按100%比例扣减净资本。因此，选项D是正确的。