公开市场业务作为货币政策工具的主要缺点包括时滞较长和干扰其实施效果的因素多。中央银行通过公开市场业务调节货币供应量时,需要经过一段时间才能对经济产生影响,因此存在时滞较长的问题。同时,由于经济环境复杂多变,公开市场的操作可能会受到多种因素的干扰,从而影响其实施效果。因此,本题答案为CE。