在商业银行财务分析中，反映商业银行盈利能力的指标主要包括（ ）。

在商业银行财务分析中，反映商业银行盈利能力的指标主要包括资本利润率、资产利润率、成本收入比等。因此，选项B“成本收入比”和选项E“资本利润率”都是反映商业银行盈利能力的指标。而选项A“核心一级资本充足率”和选项C“资本充足率”是反映商业银行偿付能力的指标，选项D“不良贷款率”是反映商业银行资产质量的指标。因此，本题正确答案为BE。