短期利率作为货币政策的操作指标，在运用中存在的主要问题是（ ）。

短期利率作为货币政策的操作指标，在运用中存在的主要问题是时滞效应。利率对经济产生作用需要一定的时间，不是立即生效的，这种时滞性可能会导致货币政策的实施效果不如预期。同时，短期利率是顺经济周期的，这意味着在经济繁荣时期利率会上升，而在经济衰退时期利率会下降，这可能会形成货币供给的周期性膨胀和紧缩，从而对经济产生不利影响。因此，选项B正确。