在协调劳动关系的三方机制中,政府一方指的是县(区)级以上政府劳动行政管理部门。这一机制是由政府、工会代表、雇主代表组成的三方性劳动关系协调制度。相关法律规定也明确规定了县级以上人民政府劳动行政管理部门会同工会和企业组织方面代表建立协调劳动关系三方机制的责任。因此,D选项是正确的。