在科学研究支出中，应当由政府承担的是哪一项？

科学研究支出中，应当由政府承担的是基础性科研经费。这是因为基础性研究具有外部效应强、周期长、风险大等特点，其成果往往具有公共性和非排他性，需要政府承担一定的投入和扶持。而其他类型的科研经费，如应用性科研经费、全部的科研活动支出以及通过市场交换能弥补成本的科学研究经费等，可以由微观经济主体来承担。因此，正确答案为A。