关于甲国居民在乙国的收入来源的税收问题，下列哪些说法是正确的?

本题考查国际重复征税的免除。

首先，对于经营所得部分，甲国居民在乙国的经营所得为100万元，甲国对此部分所得的所得税税率为50%，因此抵免限额为50万元。乙国对此部分所得的所得税税率为40%，实际已纳税额为40万元。由于实际已纳税额小于抵免限额，因此按实际已纳税额抵免，可以抵免40万元。

其次，对于特许权使用费所得部分，甲国居民在乙国的特许权使用费所得为50万元，甲国对此部分所得的所得税税率为10%，因此抵免限额为5万元。乙国对此部分所得的所得税税率为20%，实际已纳税额为10万元。由于实际已纳税额大于抵免限额，因此按抵免限额抵免，可以抵免5万元。

最后，综合两部分所得，甲国居民在乙国的收入来源的税收抵免额为经营所得和特许权使用费所得抵免额之和，即40万元+5万元=45万元。因此，正确答案为C。