纳税人自何时起发现多缴税款的，可在三年内向税务机关申请退还？

本题考查税款追征与退还。根据规定，纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现多缴税款的，可以向税务机关要求退还多缴的税款，并加算银行同期存款利息，税务机关经查实后应当立即退还。因此，正确答案是A。