在增值税进项税额检查中，哪些项目不得抵扣进项税额？

在增值税进项税额检查时，不得抵扣的进项税额包括：用于非应税项目的购进货物或应税劳务的进项税额、用于免税项目的购进货物或应税劳务的进项税额、用于集体福利或个人消费的购进货物或应税劳务的进项税额以及非正常损失的购进货物或应税劳务的进项税额等。因此，选项A“购进货物未按规定取得并保存增值税扣税凭证”、选项B“为员工集体福利而购买的货物所属的增值税税额”、选项C“因管理不善而被盗窃的购进货物所属的增值税税额”均属于不得抵扣的范围。而选项D“从海关取得的关税凭证上注明的增值税税额”是可以抵扣的，选项E“购进农产品的买价和购销货物支付的运输费”也有相关规定可以抵扣，因此不属于不得抵扣的项目。