在投资决策阶段，政府投资项目的审批中，对于采用投资补助、贷款贴息等方式投资的项目，政府部门主要审批以下哪个文件？

在投资决策阶段，政府投资项目的审批中，对于采用投资补助、贷款贴息等方式投资的项目，政府部门主要审批资金申请报告。因此，正确答案为C。