在工程评价中确定功能评价系数的方法包括强制打分法、直接评分法和倍比法。强制打分法是一种通过专家评分来确定各项功能的权重或系数的方法;直接评分法是对评价对象的功能直接进行评分,根据得分确定功能评价系数;倍比法是通过比较各功能的重要性来确定它们的评价系数。因此,选项A、C和E都是正确的确定功能评价系数的方法。