在工程勘察设计开标的初步评审阶段，哪些投标文件会被评标委员会否决？

本题考查的是工程勘察设计开标的初步评审阶段应当否决投标的情形。根据相关规定，初步评审阶段，投标人有以下情形之一的，评标委员会应当否决其投标：

A. 投标文件没有对招标文件的实质性要求和条件作出响应，或者对招标文件的偏差超出招标文件规定的偏差范围或最高项数；
B. 有串通投标、弄虚作假、行贿等违法行为；
C. 投标文件中的大写金额与小写金额不一致，并且投标人拒不澄清确认；
E. 投标单位有弄虚作假、行贿等违法行为。

对于选项D“投标报价有算术错误及其他错误”，评标委员会通常会要求投标人对投标报价进行修正，并要求书面澄清确认。只有在投标人拒不澄清确认的情况下，才会被否决其投标。因此，选项D单独出现时，不应被认定为否决投标的情形。所以本题应当选择A、B、C、E作为正确答案。