发现施工单位未经批准擅自施工时，总监理工程师应（）。

根据提供的信息，当发现施工单位未经批准擅自施工时，总监理工程师应及时签发工程暂停令。这是因为在这种情况下，施工单位的行为违反了项目监理机构的管理，可能需要进行整改或采取其他措施以确保工程的安全和质量。所以，正确答案是A，即签发工程暂停令。