开发建设单位在申请规划设计方案(建设项目方案)审查时，根据并联审批改革要求，自然资源主管部门对房地产开发规划设计方案审查的内容有()。

根据题目描述和参考答案，自然资源主管部门在审查房地产开发规划设计方案时，主要审查的内容包括：

B. 容积率、建筑高度等是否符合城市规划要求 - 这是自然资源主管部门方案审查的重要内容之一，确保建设项目的规划与城市整体规划相符。

C. 停车位数量是否符合法律、法规、规章和城市规划要求 - 停车位的数量也是方案审查的要点，以确保满足相关法律法规和城市规划的要求。

E. 设计方案用地范围是否与规划确定的范围一致 - 这是自然资源主管部门方案审查中核实用地范围是否符合规划要求的重要方面。

因此，正确答案为B、C、E。而A项和D项虽然在房地产开发项目的审批过程中也可能涉及，但并不是自然资源主管部门在规划设计方案审查中的主要内容。