在"乡镇自治"阶段,中国乡村治理的核心目标是对乡村进行社会主义改造,将乡村社会纳入国家现代化建设的体系中。其他选项如B、C、D虽然也在不同阶段中出现了相关的乡村治理目标和任务,但在"乡镇自治"阶段的核心目标仍然是社会主义改造和纳入国家现代化建设体系。