农村集体经济组织购入役畜牛用于农业生产，总价值为12000元，预计使用期限为5年，已使用3年并计提折旧3年，不考虑减值准备，计算该生物资产的当前账面价值。

根据题目描述，农村集体经济组织购入的役畜牛用于农业生产，其原价（成本）为12000元。已使用3年，预计总使用年限为5年，那么总的折旧月份为60个月（5年×12个月）。在这3年中，已经计提的折旧为12000元÷60个月×36个月=7200元。因此，该生物资产的账面价值为原价减去已计提的折旧，即12000元-7200元=4800元。因此，正确答案为D。