编制农村集体经济组织资产负债表的理论基础是会计恒等式“资产=负债+所有者权益”,因此选项A正确。其他选项如利润=收入-费用、资产+费用=负债+所有者权益+收入以及现金流量=现金流入量-现金流出量等并不是编制资产负债表的理论基础。