下列属于政府通过行政命令直接干预和控制以解决环境问题的交通运输外部成本内部化政策是？

在交通运输外部成本内部化的政策中，属于通过政府行政命令直接干预和控制来解决环境问题的措施包括逐步淘汰高污染燃料。因此，选项A是正确的。其他选项如征收排污费、对交通拥挤收费以及对低污染交通方式进行补贴，虽然也可能与环境保护有关，但它们不属于通过政府行政命令直接干预和控制来解决环境问题的范畴。