商业秘密的管理措施包括物理性措施、规章性措施、协议性措施和文件管理等方面。厂区安全管理属于物理性措施,加强对职工保密意识的教育宣传与培训和建立保密规章属于规章性措施,与第三方订立保密协议属于协议性措施。而与非常信任的业务协作方未订立保密协议可能会带来商业秘密泄露的风险,不属于商业秘密的管理措施。因此,本题答案为A、B、C和D。