关于王某集成电路布图设计的申请程序，下列哪些选项表述正确？

本题考查的是集成电路布图设计的申请程序。关于本题各选项的分析如下：

A选项正确，集成电路布图设计的申请文件可以通过电子方式提交。根据《集成电路布图设计保护条例》的规定，申请人可以通过电子方式提交申请文件。

B选项错误，对于王某集成电路布图设计登记申请的初审主要是对集成电路布图设计申请材料和其他手续的审查，而非对其独创性进行审查。独创性的审查是实质审查的一部分，在初审阶段不涉及。

C选项正确，若王某已将集成电路布图设计投入商业利用，提交含有该集成电路布图设计的集成电路样品是申请的一部分。这是证明布图设计实际投入商业利用的证据之一。

D选项错误，王某可以通过面交、邮寄、快递等方式向国家知识产权局提交书面申请文件，不仅限于通过电子方式提交申请文件。

E选项错误，若王某的集成电路布图设计获准登记后，国务院知识产权局发现该登记不符合规定的，应当予以撤销，并通知布图设计权利人。这是法律规定的撤销程序中的必要步骤。

综上所述，正确答案为A、C。