社会经济制度的差异是区分不同社会形态的根本标志，那么社会经济制度主要影响的是哪一方面的因素？

社会经济制度主要影响的是社会经济结构、经济体制和经济运行机制等方面，这些因素构成了社会经济制度的核心内容。因此，社会经济制度是影响社会形态的根本标志之一，选项B“社会经济制度”是正确答案。其他选项如社会文明水平、市场发达程度、科技发展水平等虽然也受到社会经济制度的影响，但不是其主要影响因素。